Метод лечения «подобного подобным» встречается еще в работах Клавдия Галена, однако Самуил Ганеман считается основателем современной гомеопатии. Он утверждал, что симптомы действия лекарства, при испытании его на здоровых пациентах, схожи с симптомами болезни. Результаты испытаний фиксируются определенным образом. Это является принципом чистого лекарствоведения. Действие лекарства рассматривается как лекарственная болезнь, которую вводят в больной организм. Далее, по принципу подобия натурального и лекарственного патогенезов, организм борется против лекарственной болезни и против болезни, от которой лечат больного.

Лекарство подбирается по принципу подобия, его сильно разводят, чтобы лекарственная болезнь не подрывала силы больного и носила предсказуемый характер. Ганеман считал, что центральную роль в затяжном течении хронических болезней играет инфекционное начало, поэтому должна быть избрана стратегия лечения. Ученики Ганемана продолжили теоретическое обоснование принципов гомеопатического метода. Они утверждали, что болезнь нужно выводить с нижних на поверхностные уровни организма. Гомеопаты связывают болезнь с личностью человека и подвергают критике традиционную медицину из-за уничтожения лекарственными препаратами причины болезни.